Hantavirus : le CHU de Lyon en première ligne pour les cas du MV Hondius

Le CHU de Lyon figure parmi les 18 établissements de santé de référence (ESR) régionaux habilités à accueillir des cas contacts ou des patients suspects d’hantavirus souche Andes, détecté à bord du paquebot MV Hondius. Le foyer a causé 3 décès et 9 cas au total selon l’OMS au 11 mai 2026. Une ressortissante française est hospitalisée en état grave à Paris.

Un dispositif activé, pas de patient lyonnais à ce jour

Les Hospices Civils de Lyon ont confirmé leur statut d’ESR à Le Progrès et à Actu.fr ce 12 mai 2026. Concrètement, les HCL disposent d’un service de maladies infectieuses et d’un laboratoire de sécurité biologique de niveau 3 (L3), nécessaire pour diagnostiquer et isoler un agent de classe 3 comme l’hantavirus. Aucun patient infecté ni cas contact issu du MV Hondius n’a été signalé à Lyon à ce stade, selon les mêmes sources.

Le Progrès a rapporté la mobilisation des HCL dans un article publié ce matin :

La désignation des HCL comme ESR repose sur l’arrêté du 18 janvier 2024, qui encadre le réseau national Coreb (Coordination du risque épidémique et biologique). Ce réseau liste les établissements capables de prendre en charge des pathogènes à haut risque, qu’il s’agisse d’un cas isolé ou d’un cluster, selon le site de l’infectiologie.com. Lyon est ainsi l’un des nœuds régionaux de cette organisation, couvrant la zone Auvergne-Rhône-Alpes.

Ce qui s’est passé à bord du MV Hondius

Le premier cas présentant des symptômes est un ressortissant néerlandais, signalé le 6 avril 2026, selon le site de suivi hantaviruscounter.com. Le navire de croisière a ensuite été immobilisé au large du Cap-Vert. Les passagers ont été évacués vers les îles Canaries à partir du 10 mai 2026.

Au 11 mai, l’OMS comptabilise 9 cas au total, dont 7 confirmés par analyses de laboratoire, et 3 décès. Des passagers sont suivis dans 13 pays. En France, outre la patiente hospitalisée en réanimation à l’hôpital Bichat à Paris, 4 ressortissants français sont placés en isolement et 22 cas contacts font l’objet d’un suivi actif, selon Actu.fr et Le Progrès.

La souche Andes : pourquoi elle inquiète

Le virus Andes, originaire d’Amérique du Sud, est le seul hantavirus documenté comme transmissible d’humain à humain, selon l’OMS et BFMTV. Les autres souches connues - dont le Puumala, dominant en France - se transmettent exclusivement via les rongeurs. Cette particularité rend la souche Andes potentiellement plus difficile à contenir dans un contexte de cluster.

Le taux de létalité de la souche Andes peut atteindre 38 %, rappelle l’OMS. Il n’existe pas de traitement antiviral spécifique homologué : la prise en charge est essentiellement symptomatique, d’où l’importance des structures disposant d’unités de soins intensifs et d’isolement renforcé comme celles des HCL.

La DGS a émis le 12 mai 2026 une note urgente (DGS-Urgent n°2026-04) confirmant l’identification de la souche Andes sur ce cluster et demandant aux ESR une organisation renforcée pour la prise en charge de cas éventuels. Ce type d’alerte mobilise l’ensemble du réseau Coreb, dont les HCL font partie.

Contexte dans le Rhône

Lyon abrite l’un des CHU les plus importants de France. Les HCL regroupent plusieurs sites hospitaliers et constituent la deuxième structure hospitalo-universitaire du pays en termes de capacité. Leur laboratoire L3 et leur service de maladies infectieuses les positionnent naturellement parmi les ESR capables d’absorber des pathogènes à haut risque.

À l’échelle nationale, les hantavirus ne sont pas inconnus des services de santé français. De 2005 à 2024, Santé publique France recense 2 046 cas de fièvres hémorragiques à syndrome rénal (FHSR), liés principalement à la souche Puumala, avec un pic de 320 cas en 2021. Les zones touchées se sont étendues de 31 à 43 départements sur cette période. Le Rhône n’est pas un département historiquement exposé à cette souche, mais la région Auvergne-Rhône-Alpes est concernée par la surveillance nationale.

Le Centre national de référence des Hantavirus, hébergé à l’Institut Pasteur, assure la surveillance épidémiologique et les diagnostics de confirmation depuis les années 1980. C’est lui qui valide en dernier ressort les cas suspects remontés depuis les ESR régionaux comme les HCL.

Pour mémoire, les questions de gestion des risques sanitaires graves ne sont pas nouvelles en Rhône-Alpes : la région avait déjà mobilisé ses ESR lors des alertes Ebola (2014-2016) et Covid-19 (2020), selon les données Coreb.

Un risque général jugé faible, mais un suivi prolongé nécessaire

L’OMS estime que le risque pour la population générale reste faible. La transmission interhumaine de la souche Andes nécessite un contact étroit et prolongé avec une personne infectée, selon les données disponibles. Elle ne se diffuse pas par voie aérienne à courte portée comme un virus respiratoire classique.

Cependant, la durée d’incubation - pouvant aller jusqu’à six semaines - impose un suivi prolongé. Les 22 cas contacts identifiés en France devront donc être surveillés sur plusieurs semaines encore. L’OMS et la DGS n’ont pas précisé à ce stade si de nouveaux cas sont attendus parmi ces contacts.

La question d’un éventuel transfert vers Lyon d’un patient identifié en région Auvergne-Rhône-Alpes reste ouverte : les HCL ont indiqué être prêts à recevoir des cas, sans pour autant anticiper un afflux, selon Actu.fr. Sur les questions liées aux maladies virales et à la désinformation associée, la vigilance sur les remèdes non prouvés reste d’actualité dans ce type de contexte.

Le suivi des 22 cas contacts en France se poursuivra au moins jusqu’à fin juin 2026, soit six semaines après les dernières expositions connues à bord du MV Hondius.