Doubs : une carte classe 71% des rivières en ‘bon état’, la polémique enfle

Le département du Doubs a publié une carte classant 71% de ses cours d’eau en ‘bon état écologique’ pour 2025, contre 30,5% l’année précédente. Un bond qui suscite l’incrédulité des associations et de l’opposition, dans un territoire déjà épinglé par la Commission européenne. La carte a depuis été retirée du site officiel doubs-eau.fr.

De 30,5% à 71% en un an : un saut statistique qui interpelle

La carte de qualité écologique des cours d’eau, publiée par le département du Doubs sur son site doubs-eau.fr, affiche pour 2025 un taux de 71% de rivières en bon état écologique. En 2024, ce même indicateur s’établissait à 30,5%. Un écart de plus de 40 points en une seule année, qui n’a pas manqué d’attirer l’attention.

Le groupe d’opposition Doubs Solidaire Écologique et Social a été parmi les premiers à réagir. Selon L’Est Républicain, il dénonce des méthodes de calcul opaques et pointe la suppression de certaines stations de monitoring, ce qui aurait mécaniquement pu influer sur les résultats. Le département, de son côté, nie toute intention de dissimulation et affirme que les données reposent sur les suivis existants.

La carte a finalement été retirée du site officiel, sans qu’une explication publique détaillée ait été fournie à ce stade sur les raisons précises de ce retrait.

Un réseau de suivi ancien, mais des méthodes questionnées

Le département du Doubs dispose d’un réseau de surveillance des cours d’eau initié dès 2000. Il comprend 278 stations et a permis la réalisation de 7 168 prélèvements entre 2000 et 2020, avec un suivi particulier sur les nutriments comme les nitrates, selon les données du site doubs-eau.fr.

C’est précisément sur l’usage de ce réseau que portent les interrogations. L’opposition locale évoque la fermeture de certaines stations, sans que le département ait détaillé publiquement lesquelles ni selon quels critères. La méthodologie exacte de calcul du taux de bon état n’a pas non plus été rendue publique à ce jour.

La Commission européenne déjà en alerte sur le Doubs

La polémique locale s’inscrit dans un contexte plus large. En mars 2026, la Commission européenne a épinglé la France pour avoir classé plusieurs rivières, dont le Doubs, en ‘bon état écologique’ malgré des mortalités de poissons documentées et des pollutions persistantes, selon France 3 Bourgogne-Franche-Comté.

Ce signalement fait suite à une saisine de l’association Anper-Tos (Association nationale pour la protection des eaux et rivières - truites, ombres, saumons), qui avait alerté l’institution européenne en avril 2025 sur ce que l’association qualifie de ‘faux bon état écologique’ des rivières françaises. L’association pointe notamment la rivière Doubs, dont les eaux accueillent encore des espèces piscicoles sensibles malgré des épisodes de mortalité répétés.

Pour France 3, la Commission européenne a qualifié d’aberration le classement de certains de ces cours d’eau. La question de la transparence des données dans les évaluations environnementales revient ainsi régulièrement dans des dossiers locaux à travers la France.

PFAS, nitrates, karst : des pollutions bien réelles

Sur le terrain, les signaux ne plaident pas pour une amélioration aussi spectaculaire que ce que la carte laisse entendre. Les sols karstiques du département, très perméables, favorisent les infiltrations rapides de polluants agricoles et industriels vers les nappes et les cours d’eau, selon France 3 et L’Est Républicain.

En 2026, une étude alerte par ailleurs sur la présence croissante de PFAS - les polluants dits ‘éternels’ - dans les eaux du Doubs. Depuis janvier 2023, le seuil réglementaire est fixé à 0,1 µg/L. Plusieurs prélèvements dépassent ou approchent ce seuil, selon Hebdo25, qui consacre un dossier à la surveillance de l’eau potable dans le département.

Les pollutions aux nitrates et aux pesticides, liées à l’activité agricole, restent également une préoccupation documentée dans le bassin versant du Doubs.

Contexte dans le Doubs

Le Doubs est un département particulièrement concerné par la qualité de ses eaux, tant pour des raisons géologiques que pour l’intensité de son tissu agricole et industriel. La rivière éponyme traverse le département sur plusieurs dizaines de kilomètres avant de rejoindre la Saône, traversant des zones à forte pression agricole.

À l’échelle régionale, le constat est sévère : en 2024, seulement 26% des cours d’eau de Bourgogne-Franche-Comté étaient jugés en bon état écologique, d’après Hebdo25 et L’Est Républicain. Le chiffre de 71% pour le seul Doubs en 2025 tranche donc fortement avec cette tendance régionale.

Le suivi environnemental des territoires fait l’objet d’une attention croissante dans plusieurs départements français, à mesure que les obligations issues des directives européennes se précisent. La région Bourgogne-Franche-Comté a d’ailleurs adopté le 30 avril 2026 une feuille de route sur l’eau 2026-2030, visant à adapter la gestion de la ressource aux effets du changement climatique et à améliorer la qualité des eaux, selon le site de la région.

Le département face aux demandes de clarification

Après le retrait de la carte, le département du Doubs n’avait pas, à la date du 6 mai 2026, fourni de communication détaillée sur les méthodes ayant conduit à ce classement. La mairie n’a pas encore précisé si la carte sera republiée, modifiée ou remplacée par un nouveau document.

Le groupe Doubs Solidaire Écologique et Social réclame la publication complète de la méthodologie et la liste des stations supprimées du réseau de suivi. Une demande à laquelle le département n’a pas encore répondu publiquement selon les informations disponibles.

La feuille de route régionale 2026-2030 adoptée fin avril pourrait constituer un cadre de référence pour clarifier les critères de classement à l’échelle du département dans les prochains mois.